Н.С.Садовская, Р.А.Сутормин, А.Б.Рахманинова, М.С.Гельфанд

Сравнительный анализ программ, предсказывающих трансмембранные сегменты в трансмембранных белках

Предсказание трансмембранных (ТМ) спиралей в интегральных мембранных белках является важным аспектом биоинформатики. Большая часть методов пытается предсказать не только индивидуальные ТМ спирали, но и полную топологию белка, т.е. общее число ТМ спиралей и их ориентацию относительно мембраны. Предсказание топологии имеет важное применение в геномном анализе. Оно может использоваться для выделения общего направления в эволюции мембранных белков. При попытке получить пространственную структуру интегральных мембранных белков возникает ряд сложностей. Методы кристаллографии показали третичную структуру примерно для 20 ТМ белков. Была сделана предварительная оценка четырех наиболее часто используемых ТМ серверов.